室韦之蒙古部發跡於斡難河之時本來沒有文字[a]。1204年，成吉思汗征討乃蠻之時，乃蠻掌印官畏兀儿人塔塔統阿雖然被俘，却依然守著國家的印信。成吉思汗非常嘉許其忠於自己國家的行為，遂命他掌管蒙古的文書印信，並教授太子、諸王畏兀字（回鹘字母）以書寫蒙古語[1]，蒙古人至此時便採畏兀字以记录蒙古語。
1269年，元世祖委託國師八思巴另製八思巴字作为元朝的官方文字。雖然诏令屢下，當時的蒙古人仍喜用回鹘式蒙古字母，八思巴字遂轉以轉寫他族語音。至明朝取代元朝后，八思巴字便罕見有人使用了。蒙古本土的蒙古人仍以回鹘式蒙古字母為正宗。
16世紀，因為蒙古人開始普遍信奉佛教，廣譯遍傳佛經，所以古典蒙古文字藉由佛經的流通而普及至全蒙古地區，之後便定型，甚至在16～17世紀之交促成了蒙古之文藝復興。在這之前書寫蒙古語的部分缺失，皆改進之。此時引入許多藏語、梵語之內典用語，豐富了原始蒙古語的詞彙，取代一部份蒙古人在草原上單獨使用的用語。1587年，喀喇沁翻譯者阿尤希固什為了便於轉譯藏、梵語音，修改舊有字母，创制了阿礼嘎礼字母。该字母系统可以表達所有的藏、梵語語音，且可以表達諸蒙古語所無之輔音群。此時部分古語遂棄而不用。學界謂此時之書面蒙语為古典蒙古语。
清代亦取鑑蒙古字體，創滿文以書滿語。二者字型相似，故能觸類旁通。此後自17世紀末至18世紀，古典蒙古语得以充分發展。北京、內蒙古之木版印刷業俱盛，諳蒙古語之帝王或者是藏族法師都參與編纂辭典、語法書等。
又1648年衛拉特蒙古和碩特部僧侶咱雅班第達亦根据卫拉特蒙古语的发音，在回鹘式蒙古字母的基础上改良创制出「托忒蒙古字母」（todo mongɣol），但此新字體只通行於准噶尔人中[b]，東蒙古未有採用。
1686年，喀爾喀僧侶扎納巴扎爾仿造藏文梵字，創造索永布字母，共有字母90個，左起橫書，一樣能精確表達藏、梵語，以及蒙古語的語音。索永布字母非常漂亮，寺院經常以此加以裝飾，只可惜此字體寫起來比八思巴字還不方便，因此罕用於社會上。同年扎那巴扎爾另造橫書方塊字，通行於喀爾喀各處之佛寺間。
20世紀初，曾有蒙古文拉丁化之議，當時卻未付諸實行。1946年之后，由於苏联的影響，蒙古人民共和國改以西里爾字母拼寫喀爾喀蒙古口語。而中華人民共和國內蒙古則仍採傳統蒙古字母。
1990年蒙古人民共和國改為蒙古国後，恢復傳統蒙古字母的官方地位，但使用量仍不如以西里爾字母拼寫的蒙古文。同時傳統蒙古文存在巨大缺陷，拼寫規則復雜難於掌握，多個音位使用相同字母造成混淆，且作為世界上唯一一個仍在使用的豎排文字[來源請求]（实际上已经有横排写法），日常使用極不方便。蒙古民主化后的首任总统彭萨勒玛·奥其尔巴特上任后发布第一号总统令，计划在1994年放弃西里尔文字，全民改用传统蒙文，但未能实现。[2]1990年，蒙古国部长会议作出了《关于组织全民学习传统文字的活动》的决议。1992年，蒙古国国家大呼拉尔作出了政府部门逐步恢复使用回鹘式蒙古文字的决定，但由于种种原因，未能落实。2008年，蒙古国政府颁布了“2008年—2015年蒙古文字国家计划2”，向教育文化科学部等部门下达任务，要求恢复和扩大回鹘式蒙古文的使用。2010年，时任蒙古国总统查希亚·额勒贝格道尔吉颁布命令，规定蒙古国总统、国家大呼拉尔（议会）主席、总理以及政府官员等在与外国同级别官员进行交流时，公文和信函必须使用回鹘式蒙古文，并附当事国或联合国任一工作语言的翻译文稿；蒙古国公民的出生及结婚证明、各级教育机构颁发的相关证件、毕业证书等必须同时使用回鹘式蒙古文和西里尔蒙古文。[3][4]
2020年3月18日，蒙古国政府通过《蒙古文字国家大纲》（蒙古語：Монгол бичгийн үндэсний хөтөлбөр III），决定从2025年起全面恢复使用傳統蒙古文，国家公务中同时使用西里爾字母蒙古文和傳統蒙古文；新闻出版部门到2024年前必须同时用双文发布内容。[5]然而无论是政府还是民间社会西里尔字母仍然在蒙古国广泛使用，远高于只作为文化象征的传统文字。[6]