此章节可能包含原创研究或未查证内容。
特種部隊作戰強調其隱密與機動性，可能經常需要在友軍無法直接補給的情況下長時間作戰，加上作戰性質高度仰賴通信以及情報交換所需要的設備，限制了所能攜帶的武器數量跟乘用載具，傳統部隊使用的反戰車飛彈或是肩射防空飛彈較不容易攜帶，仍然有其弱點。尤其是在情報上面一旦產生失誤，仍有可能遭到訓練強度遜於特種部隊的一般軍隊或是民兵重創。例如特種部隊極常使用的直升機就較一般步兵可以搭乘的裝甲運兵車容易受損且遭到攻擊時的死傷會較為嚴重，而同時由於重型裝備的攜行數量有限，特種部隊一旦遭遇到擁有大量裝甲車輛的敵軍，卻沒有其他的友軍火力支援(例如處於友軍空中支援或是砲兵支援火力範圍之外)，手上擁有的小口徑武器將難以面對裝甲車輛，如敵方擁有大量士兵，即便戰鬥力不如特種部隊，作戰時仍然會加速消耗特種部隊相對有限的彈藥。因此特種作戰本身仍應避免與數量或是兵器上佔有優勢的敵軍正面衝突。
同時由於特種部隊的行動高度依賴直升機，而直升機的可靠度關乎到任務成敗的影響，整體使用特種部隊的計畫跟時間點需要有更為精細的規劃，這體現在鷹爪行動跟獵殺賓拉登的行動之中都有直升機損毀而影響到行動的結果，特別是直升機的損毀會使得整個行動留下證據。如果特種部隊本身的行動區域是在非處於交戰狀態的國家，將會涉及到侵犯他國主權以及非法軍事行動的爭議，例如以色列在慕尼黑事件後一系列獵殺巴解組織成員或是在阿根廷綁架納粹戰犯阿道夫·艾希曼都曾引起事件所在國的抗議。